分署沿革
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- 民國44年成立台灣省政府建設廳水利局阿公店水庫水土保持工作站
- 阿公店水庫興建始於民國31年，民國42年完工啟用，是全台第一座多目標水庫，其係以防洪為主，灌溉、給水次之，由於水庫集水區範圍遍佈泥岩裸露地，因此泥沙淤積量冠於全台各水庫。故此，台灣省政府建設廳水利局於民國44年成立阿公店水庫水土保持工作站，專責執行阿公店水庫水土保持工作。
- 民國50年改隸台灣省農林廳山地農牧局第六工作處
- 政府為發展經濟及紓解人口增加的壓力，在保育與利用兼籌並顧的原則下，有效開發山坡地農牧資源，民國50年4月乃於台灣省政府農林廳下設立山地農牧局，並轄有八個工作處，阿公店水庫水土保持工作站改隸為山地農牧局第六工作處，主要業務為推廣坡地水土保持及輔導坡地農牧經營。
- 民國63年改制為台灣省農林廳山地農牧局第四工作處
- 山地農牧局為加強業務推展，裁併部分工作處，將原第六工作處改制為「山地農牧局第四工作處」，並設一、二、三課及人事、會計等單位，積極推展各項水土保持業務。
- 民國71年遷移至現址
- 因業務不斷增加，而使原有之辦公廳舍不敷使用，故於民國71年5月遷移至現址（台南市東區林森路1段316號）辦公。
- 民國78年改制為台灣省政府農林廳水土保持局第四工程所
- 民國78年12月山地農牧局奉令改為水土保持局，山地農牧局第四工作處亦更名為「水土保持局第四工程所」，以加強辦理治山防災及各項水土保持工程，並增設總務室，機關首長職稱亦由「主任」改稱「所長」，其餘組織仍大致維持原有型態。
- 民國88年7月1日
- 精省改隸行政院農業委員會，水土保持局第四工程所名稱則續予維持。
- 民國97年行政院農業委員會水土保持局組織調整。
- 民國97年6月2日水土保持局組織調整，第四工程所改稱臺南分局，並設規劃課、保育推廣課、治理課、農村營造課及行政室、會計室、人事等單位，積極推展各項水土保持與農村營造業務。
- 民國112年8月1日
- 行政院農業委員會升格農業部，水土保持局臺南分局改制為農業部農村發展及水土保持署臺南分署